אוכלוסיית הצעירים בנגב היא אוכלוסייה מחוללת שינוי אשר בכוחה לחולל שינוי, לבסס את הנגב ולשנות את פניו ברמה הכלכלית, הקהילתית והתרבותית. המשרד פועל להקמת ופיתוח מסגרות מתאימות, שירותים ותוכניות פעולה לטיפול, ייזום, תקצוב, עשייה, שירותים והקצאות, בתחום הצעירים.
חלק מהפרויקטיים הם: מרכזי הצעירים הפרוסים ונבנים בנגב, כנס ישראל לצעירים שנערך ב-2009 בבאר-שבע שבנגב ושת"פ עם ארגונים ועמותות צעירות בנגב כדוגמאת: אילים ותנועת אור.