המטרה הראשונה במעלה של המשרד לפיתוח הנגב והגליל לשנים הקרובות היא לשנות את מגמות ההגירה הקיימות מיישובי הנגב והגליל לעבר מרכז הארץ, ולעודד הגירה חיובית בהיקפים משמעותיים ליישובי הנגב. היעד אותו המשרד הגדיר הוא הבאת 300,000 תושבים חדשים ליישובי עד שנת 2020. המשרד מפתח תוכניות עבודה רחבות בתחום ההתיישבות בשיתוף משרדי הממשלה הרלוונטיים ותנועות ההתיישבות.
התוכניות המקודמות כיום על ידי המשרד הן: תוכניות להקמת גרעיני התיישבות חדשים, תוכניות לחיזוק גרעיני ההתיישבות, חיזוק היישובים הקיימים,הסבת מרכזי קליטה למגורים זמניים בשכ"ד אטרקטיבי, יצירת פתרונות דיור לזוגות צעירים וחיילים משוחררים בהם גם הסבת דיור ציבורי (דירות עמידר)שמתפנה למגורים זמניים למשפחות צעירות הקמת כפרי סטודנטים חדשים, בניית שכונות מגורים חדשות לקליטת מתיישבים חדשים, העמקת הסבסוד הניתן לעלויות פיתוח למגרשים ועוד.
