המשרד לפיתוח הנגב והגליל הוקם בינואר 2005 על מנת לקדם את פיתוח הנגב והגליל בד בבד עם קידום הפיתוח האזורי וחיזוק היחסים הכלכלים בין ישראל לשכנותיה.
החל מתחילת חודש אפריל 2009 עומד בראש המשרד השר סילבן שלום שיכהן כמשנה לראש הממשלה, השר לשיתוף פעולה אזורי והשר לפיתוח הנגב והגליל.