המשרד לפיתוח הנגב והגליל הוקם בחודש ינואר 2005 על מנת לקדם את פיתוח הנגב והגליל בד בבד עם קידום הפיתוח האזורי וחיזוק היחסים הכלכלים בין ישראל לשכנותיה.
בראש המשרד עומד כיום השר יעקב אדרי והמנכ"לית אורלי יחזקאל